Temporada 2

Argumento de la temporada

Esta temporada, en contraste con la primera, es más enfocada.
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta temporada, Aelita vive en la Tierra y llega a Kadic bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd que procedía de Canadá (aunque en un principio Odd dijo que era de Holanda).
En esta temporada aparece William Dunbar, un chico nuevo que llega a la escuela, que le gusta Yumi, cosa que provoca rivalidad a Ulrich.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle y una especie de segunda identidad que más tarde se revela como Franz Hopper atrapado en Lyoko, y es el creador del superordenador.
Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa para robar la memoria de Aelita. A parte de la Schypozoa, XANA, también crea otros monstruos a los que Odd les pone el nombre de "mantarrayas", "gusanos" y "tarántulas". Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper, creador de Lyoko y de XANA.