Temporada 1

Argumento del preludio

Primero Jeremy fue a buscar material a la fábrica abandonada para terminar su robot miniatura y encontró el laboratorio. Se ve como si ya hubiese pasado todo, ya que Jeremy lo estaba escribiendo todo en su diario. Al principio Jeremy llamó a Aelita "Maya", puesto que no sabía su nombre real, pero cuando ella entra para desactivar la torre encuentra escrito su nombre real, ya que lo había olvidado por culpa de XANA. También Yumi es introducida como la nueva, conoce a Ulrich, en clase de lucha. Ella le gana por lo que Ulrich se enfada y se va sin despedirse. Sissi es tomada como parte del equipo, pero tenía miedo de ir a Lyoko, y por tanto, al no ser escaneada, no era inmune a las vueltas al pasado, cosa que aprovecharon para eliminarla del grupo por no ser de fiar. Aelita se ve que es la protagonista, y que ella tiene que luchar contra XANA.

[] Argumento de la primera temporada

Esta temporada tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremy Belpois trabaja en un programa para "materializar" a Aelita (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremy logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita con un virus para que siga unida a Lyoko y no puedan así apagar el superordenador.